剧情介绍
在繁华大都会美国纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮肆虐城市，引起了巨大的骚动。安保公司老板埃里克·萨克斯决定推出最新的安保系统，以维护城市的和平。
与此同时，第6频道女记者爱普尔·奥尼尔偶然间拍到了一组画面：四名神秘侠客击败了大脚帮成员。她惊讶地发现这四位侠客竟然是变异后的巴西龟——拉斐尔、列奥纳多、米开朗基罗和多纳泰罗。忍者神龟这个名字勾起了爱普尔儿时对于超级英雄的回忆。
爱普尔迫切地想要揭开这些侠客身份背后隐藏的故事，并将其报道给全世界。她开始深入调查他们过去的经历，并采访曾经与他们有过接触的人物。
通过逐渐展示每个忍者神龟角色的故事背景，观众得知拉斐尔是一个坚毅而有着强烈正义感的战士；列奥纳多是一个聪明、沉稳且喜欢指挥团队行动；米开朗基罗则是个机灵活泼但稍显冲动；而多纳泰罗则是个乐天派喜欢享受生活并擅长科技。
随着调查深入进行，爱普尔不仅发现忍者神龟们成为变种之前就已经相互认识和合作过，还发现他们曾经与施莱德有着千丝万缕的联系。原来，在一次意外实验中产生了突变体，并使它们成为人类大小并具备人类思维能力。
爱普尔从各种线索中找到了真相：施莱德计划利用自己制造出来超级变异体控制整个城市并建立专制统治。同时也揭示出埃里克·萨克斯背后隐藏着黑暗势力，在背后操控整个事件。
当所有事情水落石出时，爱普尔回归正义，并联合忍者神龟展开最终战役对抗邪恶势力。在壮烈殊死搏杀中，他们成功打败了施莱德和萨克斯，并挫败了他们那凶残扩张统治之路。
电影以庆功宴为结尾，在伙伴们共同分享食物、笑声和友谊中结束，《忍者神龟：变种时代》成为一段关于友谊、家族以及永不放弃追求正义精神旅程。